La Milice Bajorane était le bras armé du Gouvernement Provisoire Bajoran, et était constituée à l'origine d'anciens résistants de l'époque de l'occupation. (DS9: "Emissary", "Shakaar")

Cette organisation était comparable à celle de l'armée terrienne, avec des grades similaires. Les officiers de la Milice étaient en général formés à l'Académie Militaire Bajorane, bien que de nombreux postes aient été attribués en fonction du mérite dont avaient fait preuve certains soldats de la Résistance durant l'occupation. DS9: (DS9: "Shakaar", "Meridian")

Quand Bajor se préparait à intégrer la Fédération, il était prévu que la Milice soit absorbée par Starfleet. (DS9: "Rapture")

Deep Space 9 était géré conjointement par la Milice et Starfleet. De 2369 à 2375, la station a été commandée par un officier de Starfleet, secondé par un membre de la Milice. En 2375, lorsque Benjamin Sisko, le commandant de la station, disparut, c'est son premier officier Kira Nerys qui lui succéda. (DS9: "What You Leave Behind")