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Cet article concerne les vaisseaux de développement ; Pour l'épisode de Star Trek: Voyager, voir "Prototype".

Prototype est la désignation commune pour le premier modèle opérationnel d'une nouvelle invention, généralement utilisée à des fins de tests.

En 2371, l'Ordre Obsidien testa un prototype de champ de stase quantique, qui empêchait un Changeant de modifier sa structure biomoléculaire (DS9: "The Die is Cast").

En 2372, B'Elanna Torres ramena de mission un prototype de robot et fut autorisée à travailler dessus. (VOY: "Prototype")

En 2373, le Département Scientifique de Starfleet développa un prototype d'émetteur polaron, destiné à démasquer les Korrigans en les rendant incapables de maintenir leur forme solide. Les complications engendrées par leur placement et leur activation firent dire à Miles O'Brien cette remarque : "Je déteste les prototypes" (DS9: "Apocalypse Rising")

En ce qui concernait les vaisseaux, les prototypes de Starfleet portaient le préfixe NX- dans leur numéro de registre, par opposition au préfixe NCC-, et étaient par habitude les premiers vaisseaux de leur classe. Les vaisseaux prototypes ne répondaient pas tous à cet usage. (voir ci-dessous)

Ce préfixe NX- est différent de celui de la flotte Terrienne de Starfleet, qui désigne les vaisseaux de classe NX comme l'Enterprise NX-01.