En 2268, l'Excalibur fut choisi pour participer à un exercice de combat dans une mini-flotte constituée de l'USS Lexington NCC-1709, de l'USS Hood NCC-1703 et de l'USS Potemkin NCC-1657,
faisant face à l'USS Enterprise NCC-1701, qui lui était contrôlé par l'unité multitronique M-5. La simulation de combat commença avec le Lexington et l' Excalibur près du système d'Alpha Carinae afin de tester les réactions du M-5 dans une attaque surprise. Lors de ce jeu de guerre, l' Excalibur fut gravement endommagé par le M-5 à coups de tirs de phasers. 12 membres d'équipage furent tués lors de la première attaque. Le Capitaine Harris, son officier en second et le reste de l'équipage furent tués lors de la deuxième attaque.
L'Excalibur fut le seul vaisseau naufragé de cette simulation de combat désastreuse.
(TOS: "The Ultimate Computer": Versions originale et remasterisée)
Dans la version originale l'immatriculation fut aperçue sur un panneau (seule source canon) indiquant également la position de réparation de plusieurs vaisseaux.
L'Immatriculation fut confirmée visuellement dans un épisode qu'à partir de l'épisode "remaîtrisé" 2000s de "The Ultimate Computer".
L'immatriculation fut officialisée dans un article The case of Jonathan Doe Starships de Greg Jein et fut également ajoutée dans la nouvelle édition "Star Trek encyclopedia" de Michael Okuda reprennant les nouvelles informations issues du relookage de la série.
L'USS Excalibur (NCC-1664) peut avoir été nommé en l'honneur de l'épée légendaire dur roi Arthur ou en hommage au sous-marin expérimental HMS Excalibur, qui lui fut nommé d'après l'épée.